16日，在當選為第99任日本首相后，菅義偉前往官邸，隨即與公明黨的山口代表舉行黨首會談后，設立組閣本部，進行內閣人事變動。新任內閣官房長官加藤勝信公布全體內閣成員名單。

菅義偉內閣成員共21人。菅義偉擔任首相，另有20名內閣大臣。安倍內閣中留在內閣但改任其他職務的共3人，厚生勞動大臣加藤勝信改任內閣官房長官，國家公安委員長武田良太改任總務大臣、防衛大臣河野太郎改任行政改革擔當大臣。

安倍內閣中留任原職的共8人，分別是副首相兼財務大臣麻生太郎、文部科學大臣萩生田光一、經濟產業大臣梶山弘志、環境大臣小泉進次郎、奧運擔當大臣橋本圣子以及負責新冠疫情對策的經濟再生擔當大臣西村康稔和隸屬公明黨的交通大臣赤羽一嘉。

再次入閣的共有4人。前法務大臣上川陽子、前厚生勞動大臣田村憲久以及前國家公安委員長小此木八郎再次得到起用，仍然擔任同樣職務。此外，菅義偉最為關注的數字擔當大臣一職由再次入閣的前情報通信技術政策擔當大臣擔當大臣平井卓也擔任。

首次進入內閣的共5人。前官房副長官野上浩太郎被起用擔任農林水產大臣，安倍的弟弟、前外務副大臣岸信夫任防衛大臣，前內閣府副大臣平澤勝榮擔任復興大臣，前總務副大臣坂本哲志任一億總活躍擔當大臣，新設的世博會擔當大臣由前環境副大臣井上信治擔任。

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