青島日報(bào)社/觀海新聞10月30日訊 日前,中國海洋大學(xué)海洋生物遺傳學(xué)與育種教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室包振民院士團(tuán)隊(duì)取得重要成果,在國際數(shù)據(jù)庫領(lǐng)域頂級期刊《核酸研究》在線發(fā)表了國際首個(gè)軟體動(dòng)物綜合基因組數(shù)據(jù)庫。
隨著基因組學(xué)數(shù)據(jù)以史無前例的規(guī)模增長,深度挖掘復(fù)雜高維度的海量組學(xué)資源已成為當(dāng)前生命科學(xué)領(lǐng)域面臨的巨大挑戰(zhàn)。構(gòu)建系統(tǒng)便捷、功能全面的基因組學(xué)數(shù)據(jù)庫在解決這一難題上發(fā)揮著重要作用。當(dāng)前,國際上廣泛使用的大型公共基因組數(shù)據(jù)庫仍主要聚焦并服務(wù)于人類醫(yī)學(xué)及小鼠、斑馬魚、果蠅等模式生物研究。對非模式生物類群(如大部分海洋生物)而言,至今缺乏適當(dāng)?shù)恼掀脚_及深度分析工具,以滿足日益增長的對復(fù)雜海量組學(xué)數(shù)據(jù)的分析需求。
軟體動(dòng)物起源于5億年前早寒武紀(jì),是進(jìn)化上最成功的無脊椎動(dòng)物群體之一。軟體動(dòng)物現(xiàn)存種類高達(dá)10萬種以上,是動(dòng)物界中僅次于節(jié)肢動(dòng)物的第二大門類,對軟體動(dòng)物類群的起源演化研究是學(xué)術(shù)界長期以來關(guān)注的熱點(diǎn)。此外許多軟體動(dòng)物也是重要水產(chǎn)經(jīng)濟(jì)物種,占世界水產(chǎn)總產(chǎn)量高達(dá)22%。近些年軟體動(dòng)物基因組學(xué)發(fā)展迅速,取得的重要科學(xué)發(fā)現(xiàn)層出不窮,極大地提升了目前對動(dòng)物起源和適應(yīng)性演化的認(rèn)知深度。當(dāng)前,軟體動(dòng)物組學(xué)資源通常以原始數(shù)據(jù)狀態(tài)存儲在NCBI等資源存儲型為主的公共數(shù)據(jù)庫中,缺乏可實(shí)現(xiàn)數(shù)據(jù)資源整合和深度分析的綜合平臺,更缺乏針對軟體動(dòng)物生物學(xué)特性所設(shè)計(jì)的定制分析工具。本研究團(tuán)隊(duì)通過廣泛收集軟體動(dòng)物基因組學(xué)資源,系統(tǒng)梳理整合多組學(xué)數(shù)據(jù)及開發(fā)豐富的分析工具,構(gòu)建了迄今物種覆蓋度最廣、組學(xué)資源最豐富、功能最全面的軟體動(dòng)物基因組學(xué)分析平臺MolluscDB。(青島日報(bào)/觀海新聞?dòng)浾?郭菁荔)
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